目前医学界比较公认的乳腺增生的发病原因是内分泌失调。黄体素分泌减少，雌激素相对增多是乳腺增生发病的重要原因。正常情况下，在每一个月经周期里，进入青春期的女性的乳房腺泡、腺管和纤维组织，都要经历增生和复原的组织改变过程。由于这种改变，在这之前，都可能出现一侧或两侧乳房或轻或重的胀痛，月经过后胀痛又自然消失，这完全不妨碍生活，学习和工作，是正常的生理现象。
乳腺增生的发病原因也包括精神因素。精神刺激可改变人体内环境，从而影响内分泌系统功能，导致某一种或几种激素的分泌出现异常。精神过于紧张、情绪过于激动等不良精神因素，都可能使本来应该复原的乳腺增生组织得不到复原或复原不全，久而久之，便形成乳腺增生，而且这些不良的精神刺激还会加重已有的乳腺增生症状。
另外饮食结构不合理，如脂肪摄入过多，可影响卵巢的内分泌，强化雌激素对乳腺上皮细胞的刺激从而导致乳腺增生。
还有许多人为因素和生活方式因素，人流，不生育或30岁以上生育，不哺乳，夫妻不和，含激素的保健品等等，佩戴过紧的胸罩，过紧的胸罩易压迫淋巴和血液循环，有碍乳腺健康。
